真言原文：
南谟薄伽伐帝。鞞杀社。窭噜薛琉璃。钵喇婆。喝啰阇也。怛他揭多也。阿啰喝帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。唵。鞞杀逝。鞞杀逝。鞞杀社。三没揭帝莎诃。药师灌顶真言注音：
nā mó bó qié fá dì。pí shā shè。jù lǔ bì liú lí。南谟薄伽伐帝。鞞杀社。窭噜薛琉璃bō lá pó。hé là shé yě。dá tuō jiē duō yě。钵喇婆。喝啰阇也。怛他揭多也ā là hē dì。sān miǎo sān bó tuó yě。dá zhí tuō。阿啰喝帝。三藐三勃陀耶。怛侄他ōng。pí shā shì。pí shā shì。pí shā shè。sān mó jiē dì suō hē。唵。鞞杀逝。鞞杀逝。鞞杀社。三没揭帝莎诃发音注解：
南谟：读作（nā那 mó摩），或读（ná拿 mó摩）（今人读此音居多），是“南无”的不同音译词。薄：读音为（bó伯）。鞞：有三种读法：（pí皮）、（bǐ比）、（bǐng丙）。这里念（pí皮）比较合适。因鞞通毗，“鞞杀社”，也译成“毗煞社”；“阿鞞跋致”，也译成“阿毗跋致”；“鞞嚧社那”，也译成“毗卢舍那”。（见《佛学大辞典》。）窭：读作（jù巨）。薛：读（bì毕）。喇：古读（là辣），见《康熙字典》、《中华大字典》：音辣。今读（lǎ）（lā）（lá）。喝啰阇也：此句中的“喝”，应读成（hé合），古音“合”。阿啰喝帝：此句中的“喝”，通“诃”，所以应该读作（hē诃）。啰：各地多读成（là辣），此字与喇通假。阇：读作（shé蛇）。怛（dá答）他（tuō拖）揭多也。怛（dá答）侄（zhí直）他（tuō拖）。唵：读（ōng嗡）或读（ǎn俺）。藏语系佛教读（ōng嗡）音，汉语系佛教多读（ǎn俺）音。三没（mó古音模）揭帝莎（suō通娑）诃。功德简介：
此咒有大威德，若能念诵药师真言，即可消除病苦，延年益寿。如言：“曼殊师利！若见男子女人有病苦者，应当一心，为彼病人，常清净澡漱，或食，或药，或无虫水。咒一百遍，与彼服食，所有病苦悉皆消灭。若有所求，志心念诵，皆得如是，无病延年。命终之后，生彼世界，得不退转，乃至菩提”。此言于此真言若自诵，若教人诵，皆得消灾获福者也。“药师灌顶真言”治理众生，使得消灾免难、去病却苦。修持读颂能拔一切业障、护持身心安康、得无量福慧。由于药师如来的弘深誓愿，无尽功德，一方面促使众生早成佛道，另一方面也能满足众生现世的安乐和福报。清朝的玉琳国师一读《药师经》，便额手失声，愿人人入如来的愿海。国师的《药师经》题语说：“予见世人顺境沦溺者不一，富贵可畏甚于贫贱。今此如来，使人所求如愿，遂从此永不退道，直至菩提。则欲于王臣长者，一切人中，作同事摄，不乘如来愿航，何从济乎？”又说：“若于现前富贵功名，未能志清，男女饮食之欲，未知深厌，则于往生法门，未易生信。即信矣，身修净土，而心恋娑婆，果何益乎？则求其不离欲钩，而成佛智，处于顺境，不致沦胥者，固无如修持药师愿海者之殊胜难思也。若能信行，久久不懈，知不独富贵功名，转女成男，难危迪吉，如如意珠，随愿成就。即得于一切成就处，直至菩提，永不退转，何幸如之！人间亦有扬州鹤，但泛如来功德船。”